De naam van de gemeente is afgeleid van het dorp Kollum, de hoofdplaats. De toevoeging 'Nieuwkruisland' verwijst naar het gelijknamige gebied, dat door inpoldering in de 16e eeuw (1580) aan het grondgebied van de gemeente werd toegevoegd (de dorpen Kollumerpomp, Munnekezijl en Warfstermolen).